Theo quy định của Chính phủ, từ ngày 1/3, cơ cấu tổ chức của Bộ bao gồm 9 đơn vị giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước. Đó là Vụ Kế hoạch - Tài chính, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Pháp chế, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Tuyên truyền công tác dân tộc, tôn giáo, Vụ Chính sách, Thanh tra, Văn phòng và Ban Tôn giáo Chính phủ.
Bốn đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ gồm: Trung tâm Chuyển đổi số, Học viện Dân tộc, Báo Dân tộc và Phát triển, và Tạp chí Nghiên cứu Dân tộc và Tôn giáo.
